Desa Sipayung merupakan wilayah Pemerintahan Desa hasil dari pemekaran dengan Desa Talagahiyang, yang sebelumnya Desa Talagahiyang adalah Desa hasil pemekaran dari Desa induk yang berada di wilayah Kecamatan Cipanas yaitu Desa Cipanas.
Seiring dengan perkembangan waktu dan bertambahnya jumlah penduduk serta kebutuhan akan pelayanan masyarakat semakin kompleks dan letak geografis serta pertimbangan-pertimbangan lainya, maka sekitar tahun 1984 masyarakat yang berada diwilayah Kampung Babakan Pedes dan Kampung Lurah dan Kampung Sigoler dalam hal ini diwakili oleh para Tokoh masyarakat, tokoh agama, tokoh pemuda dan tokoh-tokoh lainnya berusaha untuk mengusulkan dan memperjuangkan untuk dilakukan pembentukan desa baru melalui proses pemekaran desa.
Setelah terjadi pemekaran desa, diawal pemekaran Pemerintahan Desa Sipayung dipimpin oleh Carertaker Bapak SUKARNA/ACUK selama kurang lebih 1 Tahun, sekitar pada tahun 1985 Desa Sipayung melaksanakan Pemilihan Kepala Desa yang pertama dengan masa bhakti Kepala Desa pada saat itu 8 (delapan) tahun, dan Kepala Desa yang terpilih yaitu Bapak AJIS TOHIR dengan masa jabatan 1985-1993.
Setelah selesainya masa jabatan Kepala Desa Bapak AJIS TOHIR dilanjutkan oleh PJs. yang bernama Bapak DIMYATI dengan masa jabatan kurang lebih 3 bulan, Pada tahun 1994 Desa Sipayung melaksanakan pemilihan Kepala Desa untuk yang ke 2 (dua) kalinya, dan Kepala Desa terpilih yaitu Bapak YAYAT SUPRIATNA dengan masa bakti 8 (delapan) tahun periode 1994-2022, setelah masa jabatan Bapak YAYAT SUPRIATNA berakhir roda Pemerintahan Desa Sipayung dipimpin oleh Pelaksana Tugas (Plt) oleh Bapak ARMAD SUHAEBI dengan masa bhakti kurang lebih 3 bulan sampai dilaksanakannya Pemilihan Kepala Desa berikutnya.
Pada tahun 2022 dilaksanakan pemilihan Kepala Desa yang ke 3 (tiga), dan Kepala Desa yang ke 3 (tiga) dijabat oleh Bapak WIRTA SADO dengan masa bakti 7 (Tujuh) tahun yaitu periode 2002-2009, setelah masa bhakti Bapak WIRTA SADO berakhir Pemerintah Desa dipimpin oleh Pjs. yaitu Bapak DEDI PARID WAZDI dengan menjabat sebagai Pejabat sementara Kurang lebih selama 3 (tiga ) bulan, pada tahun 2010 dilaksanakan Pemilihan Kepala Desa Sipayung yang ke 4 (empat) dan Kepala Desa terpilih yaitu Bapak JASIMIN untuk masa bakti 6 (enam) tahun yaitu 2010-2015.
Pada tanggal 25 September 2016 sesuai Perda Kabupaten Lebak Nomor 1 Tahun 2015 tentang Desa dan Perbup Lebak Nomor 7 Tahun 2016 tentang Tata Cara Pemilihan Kepala Desa Serentak, Desa Sipayung termasuk salah satu dari 63 Desa yang berada di Kabupaten Lebak ikut melaksanakan Pemilihan Kepala Desa, dan yang terpilih sebagai Kepala Desa Sipayung yaitu Bapak JASIMIN dan sebagai Kepala Desa yang ke 5 (lima) dengan masa bakti 2016-2022.
Selanjutnya pada tahun 2022 tepatnya pada tanggal 13 November tahun 2022 Desa Sipayung kembali mengadakan pesta demokrasi dalam Pemilihan Kepala Desa serentak se-Kabupaten Lebak, dan yang terpilih menjadi Kepala Desa Sipayung untuk periode 2022-2028 adalah Bapak ASEP DADI MUTTAQIN.